Después de evaluar y reevaluar, en un proceso que suele utilizarse como modelo de aplicación del método científico, qué variable era la que incidía en semejante fenómeno, advirtió que en la sala de alta mortalidad trabajaban estudiantes que antes de revisar a los pacientes hacían disecciones de cadáveres y concluyó que había algún “material cadavérico” responsable del contagio. En cambio en la otra sala que había un porcentaje mucho menor, sólo trabajaban comadronas que jamás hacían disecciones de cadáveres. Inteligentemente allí encontró la solución del problema. Posteriormente comprobó que estaba en lo cierto, ya que apenas obligó a sus estudiantes a lavarse las manos, la tasa de infección bajo inmediatamente a un 2%. Luego amplió sus cuidados de higiene al lavado de instrumental y comprobó estadísticamente, una vez más, la efectividad de su método de higiene, algo que hasta entonces no había sido tenido en cuenta.
Semmelweis empezó a actuar con rapidez. Los estudiantes sorprendidos y disgustados, tenían que lavarse las manos con una solución de hipoclorito cálcico cada vez que querían entrar en la sección.
No obstante los excelentes resultados Semmelweis fue muy resistido por sus colegas que pensaban que estaba loco. Lo que fue motivo con los años de que muriera por depresión, ya que él mismo se sentía culpable de la muerte de numerosas madres que habían pasado por sus manos contaminadas.
Posteriormente Semmelweis fue reivindicado por Pasteur, que había estudiado sus trabajos y le dio la razón en 1879 en un Congreso de la Academia de Medicina de Paris.